تعمل الادارة العامة للشؤون المالية على تنفيذ السياسات والإجراءات والخطط والبرامج التي تتعلق بالاعمال المالية كافةً من خلال تبنى مبدأ ضمان جودة العمل والشفافية في الادارة , وأصبحت ثقافة الرقابة والتدقيق جزءأ لا يتجزأ من هذا العمل وتسعى الادارة لان تكون متميزة في تقديم الخدمات المالية لقطاع المستفيدين في وزارة الصحة بالإضافة إلى تنمية الإيرادات وترشيد النفقات.

وتهدف الادارة العامة للشؤون المالية الى توفير بيئة عمل تتضمن الامتثال لمعايير المحاسبة الدولية والقوانين والتشريعات والانظمة والتعليمات الداخلية الخاصة بالعمليات المالية , والعمل على توفير كافة الاحتياجات والمتطلبات اللازمة للمرافق الصحية التابعة لوزارة الصحةوذلك بهدف توفير الخدمة الأفضل والمنشودة للمريض.

  و تتكون الادارة العامة للشؤون المالية من أربع دوائر رئيسية هي:

1-  دائرة الحسابات

2-  دائرة الخزينة

3-  دائرة الموازنة

4-  دائرة التدقيق والمراجعات

مهام الادارة العامة للشؤون المالية:

1-اعداد الموازنة التقديرية العامة لوزارة الصحة والتي يتم اعدادها بناءاً على موازنة البرامج بما يتوافق مع خطة الاصلاح التي وضعتها الحكومة والتي تسعى الى عكس الاحتياجات الفعلية للوزارة .

2-تنظيم السجلات والقيود المحاسبية من خلال تدقيق وتسجيل المعاملات المالية الواردة إلى الإدارة العامة للشؤون المالية وفق النظام المالي المعتمد .

3-  الرقابة والتدقيق على تحصيل الايردادات المالية المختلفة لوزارة الصحة حسب الانظمة والمعاير المحاسبية .

4-إعداد التقارير المالية اليومية والدورية والتي تبين الوضع المالية للوزارة في لحظة معينة حسب بنود الموازنة المختلفة أو حسب ما تقتضيه مصلحة العمل .

5-  تقديم المعلومات والخدمات المالية المتنوعة للمستفيدين وذلك بمستوى عالي من الجودة والاتقان والشفافية.

6-  إعداد التسويات البنكية لحساب الإيرادات وحساب المصروفات .

7-تنفيذ الدفعات المالية المستحقة للمستفيدين ,حسب الانظمة والقوانين من خلال الدفعات التي يتم تحويلها من وزارة المالية .

8-العمل والتنسيق والمتابعة الدؤوبة مع وزارة المالية بخصوص توفير مخصصات مالية وسيولة نقدية لتامين دفعات مالية لمقدمي الخدمات لوزارة الصحة وعلى مختلف تصنيفاتهم .

المشاركة في اللجان المختصة لعمليات الشراء والجرد والتي تكون الادارة العامة للشؤون المالية عضواً فيها .